スモールM&Aで会社や事業を譲るとき、「いくらで譲るか」の前に「どういう形で譲るか」を決める必要があります。代表的な契約形態は株式譲渡と事業譲渡の2つで、税負担・引き継ぎの範囲・簿外債務リスクが大きく変わります。価格交渉以前に押さえておきたい判断材料を、税理士の視点で整理します。

なぜ契約形態の違いを知っておくべきか

スモールM&Aの相談現場では、「いくらで譲れるか」を先に聞かれることが多くあります。ただ、譲渡価格と同じくらい大きく結果を左右するのが、契約形態の選び方です。

中小企業庁の中小M&Aの譲渡額の算定方法でも、譲渡形態の違いによる税務・実務上の差異が整理されています。株式譲渡と事業譲渡では、譲り渡す対象、税金の計算、簿外債務の扱い、許認可の引き継ぎ、すべてが違ってきます。

「契約形態は仲介会社が決めるもの」と考えている経営者の方もおられますが、最終的に決めるのは売り手と買い手です。事前に違いを把握しておくと、交渉の場で流されにくくなります。

株式譲渡の基本(会社ごと譲る、株主が個人)

株式譲渡では、会社そのものの法人格は変わらず、株主が売り手から買い手に変わります。そのため、会社が持っている契約、債権債務、従業員との雇用関係、許認可、不動産などは、原則として会社に残ったままです。

買い手から見ると、会社を丸ごと引き受ける形になるため、決算書に表れていない未払債務、保証債務、退職金規程、訴訟リスクなどの確認が重要になります。

中小企業の場合、株主が社長個人（または親族）であることが多く、譲渡対価は社長個人が受け取ります。税金は個人の譲渡所得（株式譲渡所得）として計算されます。

事業譲渡の基本(事業の一部または全部を譲る)

事業譲渡は、会社が持っている事業を、個別の資産・負債・契約として譲る契約です。会社自体は譲渡後も残ります。

何を譲るかを個別に決められるのが特徴で、たとえば「製造部門だけ譲って、不動産は残す」「主力事業は譲って、別の事業は会社で続ける」といった選び方ができます。譲渡対価は会社が受け取り、税金は会社の法人税として計算されます。

ただし、許認可や契約は譲受会社で個別に再取得・再締結が必要です。雇用契約も従業員ごとに同意を取り直すことになり、引き継ぎの手続きは株式譲渡より複雑になります。

譲渡は売り手と買い手双方の納得が前提です。株式譲渡しかないと思い込んでおられた経営者の方も、事業譲渡の可能性に気付くことで双方にとって納得のいく承継につながったケースもあります。

税務上の違い(譲渡所得 vs 法人税＋消費税)

税金の計算は、契約形態によって大きく変わります。

株式譲渡の場合、譲渡対価から取得費を引いた譲渡所得に、20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）の税率がかかります（国税庁 No.1463 株式等を譲渡したときの課税）。個人の譲渡所得として分離課税されるため、税負担の見通しが立てやすいのが特徴です。

事業譲渡の場合、譲渡対価は会社が受け取り、譲渡益（譲渡対価から簿価を引いた額）に法人税が課税されます。また、譲渡資産のうち消費税の課税対象となる資産（棚卸資産、機械設備、車両など）には消費税がかかります（国税庁 No.6195 事業譲渡をした場合の課税関係）。さらに、譲渡後に会社を清算する場合は清算手続きの税務も発生します。

同じ譲渡対価でも、最終的に経営者の手元に残る金額は契約形態で変わってきます。

引き継ぎ範囲・簿外債務・許認可の違い

株式譲渡の場合、会社が持つすべての権利義務がそのまま会社内に残り続けるため、決算書に載っていない簿外債務（保証債務、未払退職金、訴訟リスクなど）も会社に残ったままです。買い手は事前のデューデリで確認しますが、把握漏れがあると譲渡後のトラブルになりやすい部分です。

事業譲渡の場合、譲る資産・負債・契約を契約書で個別に列挙します。リストに載っていない債務は移転しないため、譲渡範囲から外しておくことで簿外債務リスクを避けられる場面もあります。一方で、許認可は譲受会社で再取得が必要、契約は相手方の同意が必要、と手続き面の負担が大きくなります。

特に許認可（建設業、運送業、飲食店、医療系など）は、事業譲渡の場合に再取得期間が事業継続に影響することがあるため、早めの確認が重要です。

簿外債務や許認可の扱いをめぐって双方の落としどころが折り合わず、数回の交渉を経ても合意に至らなかったケースもあります。

どちらを選ぶかの判断材料(売り手目線)

売り手目線で契約形態を選ぶ前に、両者の違いを一覧で整理しておきます。

項目株式譲渡事業譲渡
譲る対象会社の株式事業・資産・契約など
売主株主個人が多い会社
税金個人の株式譲渡所得法人税・消費税など
契約・許認可原則として会社に残る個別確認・再取得が必要
簿外債務会社に残るため買い手が警戒譲渡範囲から外せる場合がある
手続き比較的シンプル個別手続きが多い
向くケース会社全体を譲る一部事業だけ譲る

判断材料は、4つに整理できます。

ひとつめは、会社全体を譲るか・一部を残すか。会社のすべてを譲って引退するなら株式譲渡、一部の事業だけ譲って会社は続けるなら事業譲渡です。ふたつめは、簿外債務の有無で、把握しきれていない債務がある場合は、株式譲渡で買い手の不安を解消するための整理時間がより必要になります。

みっつめは許認可の状況です。許認可が事業の前提なら、再取得期間が成り立たない場合は株式譲渡が現実的です。よっつめは手元に残る資金の試算で、譲渡対価から税金を引いた手取り額は、契約形態で変わります。

譲渡価格の算定方法は 小さな会社の譲渡価格はどう決まるのか で、仲介相談に進む前の数字整理は M&A仲介会社に相談する前に整理したいこと でまとめています。

契約形態の判断は、税務・法務・手元資金の3つを合わせて考える必要があります。相談の流れと料金は 初回相談のご案内 で詳しくお伝えしています。

買い手側としても購入価格が大きくなるほど不安が付きまといます。数字の専門家として回収可能性を一緒に検討することが、双方の決断の後押しになる場面もあります。